Los fármacos antimicrobianos ionóforos se han utilizado para modificar el microbioma del rumen desde la década de 1970, con el fin de mejorar la eficiencia alimentaria, convirtiéndose en la clase de antimicrobianos más grande, por peso, vendida para el ganado. Los ionóforos afectan el movimiento de los iones sodio, potasio e hidrógeno dentro y fuera de las bacterias, lo que retarda el crecimiento de las bacterias grampositivas. Se cree que los aumentos asociados en la eficiencia alimentaria se deben a una combinación de varios efectos: disminución de la producción de metano, aumento de la producción de propionato y mejor utilización de la proteína de la dieta. La disminución en la producción de metano parece deberse, probablemente, a una disminución del hidrógeno, un sustrato clave para las arqueas metanogénicas. Los beneficios adicionales incluyen una disminución en la producción de lactato, lo que minimiza el riesgo de acidosis ruminal asociada a dietas ricas en almidón.
Los ionóforos también son eficaces como coccidiostáticos y se utilizan comúnmente con este propósito en terneros.
