La enfermedad asociada con cepas de tipo A de Clostridium perfringens es una afección más leve que la enfermedad asociada a C. perfringens de tipo C. El diagnóstico es complicado porque C. perfringens de tipo A es parte de la microbiota intestinal normal, las lesiones microscópicas no son constantes y la enfermedad tampoco se ha podido reproducir de manera constante en experimentos.
Los lechones afectados suelen presentar una diarrea amarillenta, de cremosa a acuosa, que es autolimitante en aproximadamente 5 días. Se reduce la tasa de crecimiento de los lechones; sin embargo, mueren pocos cerdos. Las lesiones en la exploración post mortem son leves y por lo general inespecíficas; incluyen intestinos flácidos y de paredes finas con distensión gaseosa variable. Dada la ubicuidad del microorganismo en la microbiota, no se dispone de criterios específicos para confirmar el diagnóstico de enteritis por C. perfringens en cerdos. El diagnóstico se realiza a menudo mediante la exclusión de otras causas de diarrea neonatal y el aislamiento e identificación de un gran número de C. perfringens de los segmentos afectados de yeyuno o íleon.