Debido a que la incidencia de neoplasia GI es baja, deben investigarse en primer lugar otras causas de pérdida de peso. El diagnóstico se suele establecer por exclusión de otras causas de pérdida de peso y mediante el examen histopatológico del tejido recogido por biopsia duodenal después de introducir un gastroscopio en el duodeno proximal, la biopsia de la mucosa rectal utilizando un instrumento de biopsia uterina de la yegua o la obtención de biopsias intestinales completas durante la laparotomía exploratoria o en la necropsia. El carcinoma de células escamosas del estómago puede diagnosticarse por gastroscopia.
En caballos con linfosarcoma la exploración rectal o el examen ecográfico pueden permitir detectar los nódulos linfáticos mesentéricos agrandados o el engrosamiento del intestino. Las masas concomitantes en el hígado o el bazo pueden ser más fácilmente detectables que las lesiones GI en la ecografía y pueden permitir un diagnóstico menos invasivo si son accesibles para la biopsia percutánea. Una laparotomía exploratoria con biopsia de masas intestinales o de otros órganos puede proporcionar un diagnóstico definitivo.
El tratamiento de las neoplasias gastrointestinales en los caballos no se suele llevar a cabo y el pronóstico es grave. Hay descritos algunos casos de extirpación quirúrgica del segmento intestinal afectado. La quimioterapia puede ser una opción para algunos caballos y el tratamiento con corticoesteroides puede prolongar el tiempo de supervivencia en algunos casos.