En condiciones normales reside en las fosas nasales, nasofaringe y parte superior de la tráquea de perros y gatos (y al menos de forma intermitente en los pulmones de perros y gatos) una microbiota comensal variable, formada por microorganismos como Pasteurella multocida, Bordetella bronchiseptica, estreptococos, estafilococos, pseudomonas y bacterias coliformes, sin causar signos clínicos. Estas bacterias pueden producir infecciones oportunistas cuando los mecanismos de defensa están afectados por la infección por un agente patógeno primario (p. ej., por el virus del moquillo , de la parainfluenza o del adenovirus canino de tipo 2 en perros; y los virus de la rinotraqueítis o del calicivirus en gatos), por otras agresiones (p. ej., la inhalación de humo o gases nocivos) o por enfermedades como la insuficiencia cardiaca congestiva o la neoplasia pulmonar .